As ferramentas de tradução de Baybayin têm várias limitações. Elas podem ter dificuldades com sons do filipino moderno, como ‘f’ ou ‘v’, que não faziam parte do script original. As ferramentas podem não lidar com precisão com palavras compostas ou caracteres especiais. Além disso, como o Baybayin tradicionalmente não inclui espaços entre palavras, algumas nuances do texto original podem ser perdidas na tradução.